Oczami słynnego hiszpańskiego malarza Francisco Goi oglądamy burzliwą i barwną historię rozgrywającą się na przełomie XVIII i XIX w. w Hiszpanii. Jest to czas historycznych turbulencji, gwałtownych niepokojów i cierpienia. Podczas gdy hiszpańska Święta Inkwizycja umacnia swoją pozycję i zaostrza walkę z heretykami i wyznawcami liberalnej myśli oświeceniowej, we Francji wybucha rewolucja, a kilka lat później do Hiszpanii wkracza Napoleon pod sztandarami Wielkiej Rewolucji Francuskiej i wyzwolenia ludu z ucisku monarchii i Kościoła. Okupant jednak, zamiast wyzwolenia i wolności przynosi tylko okrucieństwo i prześladowania. Niedługo potem angielski generał Wellington na czele potężnej armii przegania Francuzów, po czym następuje przywrócenie monarchii oraz ... Inkwizycji.
Na tle tych burzliwych wydarzeń śledzimy losy ojca Lorenzo (Javier Bardem), zagadkowego członka Świętego Oficjum, zafascynowanego młodziutką muzą Goi – Ines (Natalie Portman), która na skutek fałszywego oskarżenia o herezję uwięziona zostaje w lochach Świętej Inkwizycji. Obserwatorem i katalizatorem zdarzeń jest Francisco Goya (Stellan Skarsgard), nadworny malarz królewski, który żyjąc z portretowania wpływowych ludzi, „po godzinach” z pasją uwiecznia zwyrodnienia Inkwizycji, okrucieństwa wojen, barbarzyństwo i głupotę ludzką.